故事描述一个叫屁祖隐的女人带着5岁的少年来到野原广志和美冴的家里,告诉他们自己是广志和美冴的5岁儿子新之助的亲生母亲。二人留宿的当晚,野原家遭到神秘忍者集团的袭击。新之助被绑架了。屁祖隐家是忍者的故乡,世代守护着地球的能量“宁特鲁”的家族。于是,地球的存亡就交给了新之助的忍法。
星星球机器人感染木马程序开始伤害人类,由于这种木马程序年代久远,只有过去的时空才能研发出来,于是开心超人回到过去的灵光星,寻找能清除木马程序的和平代码。但没想到的是,开心超人居然回到了和平代码还没有研发成功的时空,此时人类与机器人处于矛盾大爆发的时候……