延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马 在非洲游历了一圈之后，纽约中央公园的四位明星们继续着回到纽约，回到中央公园的旅程。不过，只要旅途中有猩猩和那群企鹅的“帮忙”，旅程就没有想象中的那么顺利。在蒙特卡洛的一家赌场里，由于大家的耍宝，大闹赌 狮子亚历克斯他们在马达加斯加的快乐故事仍在继续。而另一边厢，那四只调皮捣蛋的企鹅：沉着冷静的老大（TomMcGrath配音）、脑瓜机灵的技术狂卡哇伊（JeffBennett配音）、单纯而超梦的菜鸟（JamesPatrickStuart配音）以及疯狂危险的凉快（JohnDiMaggio配音）却回到了纽约动物园。虽然平时被关在笼中，但这根本难不住技能互补的企鹅四兄弟，在繁华的国际大都会，他们还是可以让演一场又一场令人咋舌又拍案叫绝的大冒险。此外，超级自恋狂狐猴朱利安国王14世和大毛也告别老家，携手到陌生的美国 当Alex它们还在非洲度假时，企鹅们早已回到了纽约动物园，并且继续执行它们的秘密任务，并帮助动物园里的动物们。在动物园里，它们认识了一些朋友，而且在马达加斯加自称为王的狐猴Julien和它的小跟班Maurice和Mort也来到了动物园。 动画片《马达加斯加》让观众认识了一群令人捧腹的动物，而其中最令人忍俊不禁的，绝对要属那几只企鹅了，根据这部动画电影改编的动画电视剧也已经拍摄已经到了第二季。对多数人而言Skipper，Kowalski，Rico和Private只不过是四只住在中央公园动物园的可爱企鹅。这也正是他们希望留给别人的印象。为什么呢？因为这些看似平静温和的企鹅其实是一群有着无可匹敌的突击能力的精英力量。他们的使命是什么？维护动物园的秩序。他们的敌人又是何方神圣呢？令人讨厌的新邻居Julien–这个派对动物自诩为狐猴王是动物园的新成 
