本次公开的第二季动画标题为《我的妹妹哪有这么可爱。》，乍看之下似乎与第一季没什么区别，其实区别就在于最后的一个“。”句号。本次有意将第一季标题加上句号作为第二季的标题，不得不令人联想第二季是否意味着真正完结？
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
上古神兽貔貅皮皮来到了人间，为了躲避人类追捕，逃到了好友四不像开的专门帮助神兽的鹿人店，并结识了一群来自四面八方，性格各异的神兽，开始了远离人烟，轻松惬意的日常。
萧炎，萧家历史上空前绝后的斗气修炼天才。家族百年之内最年轻的斗者！ 三年之前，这名声望达到巅峰的天才少年，却是突兀的接受到了有生以来最残酷的打击，他辛辛苦苦修炼十数载方才凝聚的斗之气旋，一夜之间，化为乌有。而且体内的斗之气，也是随着时间的流逝，诡异地变得越来越少导致其实力不断地后退。一夜间，沦落成了路人口中嘲笑的废物！ 种种打击接踵而至，就在他即将绝望的时候，一缕幽魂（药尘又作药老）从他手上的戒指里浮现，一扇全新的大门在面前开启！ 原来，竟是有一不死魂魄吸收他的斗气，在药老灵魂停止吸收斗气后萧炎终于天赋重展，（有药老帮助）连连突破，震惊全城。 萧炎重新成为家族年轻一辈中的最强斗者，然而他却不满足于此。 为了一雪退婚带来的耻辱，萧炎来到了魔兽山脉，在药老的帮助下，进一步提升自己的实力…… 在魔兽山脉，他结识了小医仙（厄难毒体），结为好友，抵御妖兽和企图不轨的敌人。他面向的世界更加宽阔。后又在药老的教导下，成为加玛帝国黑岩城最年轻的二品炼药师，（现已是九品玄丹炼药宗师）。为着他的执着与信念闯荡大陆，向着大陆巅峰强者迈进。年仅29岁便晋级斗帝境界并自封炎帝， 30岁成为斗帝，号“炎帝”。 终于，在萧炎坚持不懈的努力和强大存在的帮助下，重新成为了家族年轻一辈的佼佼者，更游历了整个大陆，挑战无数强大而神秘的邪恶势力与大陆上无数传说中的无敌强者，成为大陆巅峰强者。
千万年来，古老而神秘的龙族在中土大陆繁衍生息。然而，神界的光魂与暗魂之争，也将龙族牵连其中。龙族陷入残酷的内乱，甚至面临灭族之危。绝望时刻，出走已久的东海王子敖雪强势归来，欲解救龙族于危难之中。
故事发生在一片虚构的大陆之中，曾经，五个迥然不同的种族和谐的生活在这片广袤的土地之上，然而，圣战爆发了，女神族、妖精族、巨人族和人族结盟，封印了代表着邪恶的魔神族。一晃眼多年过去，里昂尼丝王国的国王预言圣战即将再度发生，圣骑士们开始加紧训练，以备不时之需，哪知道，圣骑士发动了起义囚禁了国王掌控了国家大权，人民至此开始了水生火热之中的生活。 第三公主伊莉莎白（雨宫天 配音）挺身而出决心拯救国家，她想到了最强骑士团七大罪，于是踏上了寻找这七名恶人的旅途。一次偶然中，身陷险境的伊莉莎白遇见了名为梅利奥达斯（梶裕贵 配音）的金发少年，他不是别人，正是七大罪的团长。
全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
