自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
艾莉丝消失后过了几个月。鲁迪乌斯尽管内心感到空虚,还是为了寻找母亲塞妮丝,来到巴榭兰特公国的第二都市罗森堡。胸中抱着强烈孤独感的鲁迪乌斯原本打算单独行动,却受到路上认识的队伍半强迫式的邀约,和他们一起处理委托..... 「我不能自暴自弃,该去做那些必须做的事情」。历经千辛万苦后,对于和艾莉丝分离一事应该已经做出决断。然而,这件事却在意外的方面侵蚀鲁迪乌斯..….... ?