《完美世界》动画改编自同名小说。他为修道而生，为应劫而至，他身化亿万血雨，洒落万古岁月，经历无数时空的熬炼，岁月长河的洗礼，他化万古，他化自在。看男主石昊如何一生极致辉煌，造就无尽传说。
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。 几经寻找后GUTS队员们终于找到金字塔，但两大怪兽也到来了。虽GUTS拼死守护，但三个巨像已被破坏剩一个，队员·大伍的战机也被击中，且逃生装置失灵。在危急关头，大伍突然化成光，和最后一个的石像结合。光之巨人“迪加”因此而复活，并与两大怪兽展开了战斗……
地球附近的一个异空间中有一个酷宝王国，酷宝以人类情绪波动时散发的情感核能为食物。情感核能分两种，开心、欢乐时产生的情感核被称为七彩元动能，相反悲伤、痛苦产生的是黑色邪动能。女魔头阿酷波斯，率领叛军企图推翻酷宝国王的统治，并通过时光机逃到了20年前的人类世界，企图影响未来人类世界的快乐领袖——司徒乐的成长，让他容易产生邪恶的念头和情感，为阿酷波斯提供庞大的黑色邪动能，征服酷宝王国。酷宝国王得知阿酷波斯的计划，便派小宝前往过去的人类世界保护幼年的司徒乐。
