故事发生在一个惟权力与力量至上的江湖中，讲述了多年前，中州的宗帅、北地的完颜藏和南疆的文太极三人争霸天下，因各家损失惨重，便立下二十年休战盟约。眼下二十年之约将至，一轮新的征伐正在暗潮涌动。三家互相猜忌仇视，各自立下“追血令” ，将敌对家族最重要的人物列于名单之上，发誓杀尽对方所有高手，一场惊心动魄的天下大战就此拉开了帷幕！
青青草原即将转型高科技城市，在阳光明媚的一天，喜羊羊（祖晴 配音）、美羊羊（邓玉婷 配音）、懒羊羊（梁颖 配音）等小伙伴们准备挖个洞埋进时间胶囊作为纪念，这么有意义的事情，连他们的死对头灰太狼（张琳 配音）也积极参与进来。突然，巨大的爆炸声破坏了祥和的气氛，巨大的陨石坑出现在草原中央。在坑的中心位置，有一个黑色十字状的石头。这个小意外并未太多打扰小伙伴们，黄昏降临，大家来到广场，共同合影留念并等候烟花表演。和灰太狼追逐打闹时，喜羊羊他们意外发现全身机械、并且拿着那块奇怪石头的神秘人剔博士。 而这次遭遇，也将小伙伴们带到15年后的青青草原，展开全新的冒险……
东京峰会召开在即，为了确保会议顺利进行，日本警方出动约两万名警力对位于东京湾的超大设施“海洋边缘”进行安保工作。可就在严密的防控下，此地已然发生了爆炸案。令柯南（高山南 配音）等人始料未及的是，现场居然留下了对毛利小五郎（小山力也 配音）极其不利的证据。在此之后，小五郎 遭到逮捕。柯南则发现安室透曾出现在爆炸现场，并且负了伤。为了还毛利叔叔的清白，柯南和阿笠博士以及少年侦探团的小伙伴们联合起来勘察现场，搜集证据。随着调查的深入，柯南发现这起爆炸案隐藏着包括恐怖分子、公安在内多方的复杂关系，而真相更令所有人瞠目结舌…… 本片是“名侦探柯南系列”第22部动画剧场版，票房总收入超过90亿日元。
