该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
故事发生在宋金年间，道教侯任掌门天生（关礼杰 饰）和程若诗（周慧敏 饰）两情相悦，若诗的腹中更是有了天生的骨肉，两人想要隐居古墓，逃离江湖纷争。天生的师兄玄生（林尚武 饰）觊觎九阴真经，勾结金人企图造反，逼得天生出山，与之势不两立。争斗之中，玄生劫持了若诗母子，最终，为了保护家人，天生不幸遇难，临死前，他将儿子托付给了师兄黄裳（黎汉持 饰）。 一晃眼20年过去，天生的儿子（郑伊健 饰）业已长大成人，某日，他遇见了名为完颜峯（罗嘉良 饰）的金人，趣味相投的两人结为兄弟，天生的儿子亦得名重阳。偶然机会下，王重阳救了一名名为林朝英（梁艺龄 饰）的女子，谁知该女子一心要杀王重阳的义父黄裳报仇，而二人日久生情却误会重重，爱恨纠缠。随着时间的推移，重阳也渐渐得知了自己的身世，他决心替父母报仇。
清朝末年，一派萧瑟之气。父母早亡无家可归的十五岁少年陈六子流落街头，靠着要饭存活。但六子天子聪颖，机智灵活，时不时去听听说书，了解外面的世界。某个冬天，六子得到了饭店伙计锁子叔的照顾，让六子感激了一生。冻得没办法的六子倒在了周村通和染坊门前，早晨出来扫雪的周掌柜，救下了六子，且把他认为义子，取名陈寿亭（侯勇 饰）。就这样，陈寿亭开始了在通和染坊的生活。时光荏苒，十年间，寿亭通过自己的勤奋和机智，熟练的掌握了染坊的所有技艺和事项，把通和染坊经营成了周村的最大染坊，引起了大亨染坊老板的觊觎。他想通过贿赂把寿亭挖过来，寿亭却意志坚定，连绑架他的土匪都对他心生敬佩。就这样，周村上下无人不知晓陈寿亭。 大户卢家老爷看中了寿亭，想让其去青岛协助从德国归来学印染的儿子卢家驹（罗刚 饰）。寿亭因此走上了工业印染之路和创业之路……
故事围绕着风亦飞（刘锡明 饰）展开，他出身自一个猎户家庭，家庭背景的艰辛使他早熟。十年前，风亦飞的父亲在捕猎时失踪，这一悲剧深深地影响了这个家庭，他的哥哥风亦乐（罗嘉良 饰）在目睹父亲的惨死后，失去了双眼，家庭一度支离破碎。自此之后，风亦飞肩负起照顾家人、采药为生的责任，与母亲和姐姐风玉莲（王敏明 饰）相依为命，共同面对生活的重压。在艰苦的环境中，风亦飞意外结识了一群退隐的高人，得以在武艺上有了显著的提高，使得他在村子中逐渐崭露头角。他在一次代母出城交药的过程中，怦然心动遇见了美丽的财主之女唐剑儿（周慧敏 饰）。最开始，二人因误会而斗气，但渐渐地，他们之间的感情开始升温，形成了一段青涩而美好的恋情。 与此同时，风亦乐则一直暗恋着邻家女孩慕青思（关秀媚 饰）。然而，这段感情的道路也非常坎坷，青思的美丽吸引了小王子朱君宇（张兆辉 饰）的追求。朱君宇不仅仅是个普通的富家公子，他与父亲朱胜北暗中密谋，意图反叛朝廷，并涉及贩运私盐的勾当。他们发现村中藏有珍贵的乌金，便千方百计地挤压村民，妄图赶走那些镇守家园的人。在这个紧张的局势下，朝廷开始注意到朱胜北的动向，并派遣密探田仲谋潜入调查。田仲谋在调查中遇到了风亦飞，并得到他的帮助，最终成功获取了朱胜北的反叛书信，确凿证据让计划暴露在朝廷面前。然而，朱胜北并不甘心失败，他派遣情妇祝梦（林颖娴 饰）接近风亦飞，试图通过迷惑和接近来挽回局势。祝梦对风亦飞的亲近似乎另有用意，令风亦飞怀疑她的真正目的。
《铁齿铜牙纪晓岚4》由“小月归来”、“拉大旗做虎皮”、“笔谈奇案”、“人在草木中”和“忠义祠”五个单元故事组成。围绕秉公执法的睿智才子纪晓岚（张国立饰）、打造“康乾盛世”的一代君主乾隆（张铁林饰）和唯利是图、贪赃枉法的和珅（王刚饰），君臣三人再次上演一幕幕令人忍俊不禁却发人深省的人间悲喜剧。 由“铁三角”张铁林、张国立、王刚主演的系列电视剧《铁齿铜牙纪晓岚》，至2009年已发行四部。作为该系列电视剧的第四部，本剧集不仅有剧中扮演杜小月的袁立回归，还有香港女星杨千嬅、著名笑星闫妮和著名节目主持人刘仪伟等众多影视剧明星亲情加盟。
