夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
女高中生三好蓝美一心推着平凡不起眼、不知道在想什么的同班同学雾尾君。在看不见雾尾君的脸的演出中，蓝美和既是朋友又是情敌的染谷波说“怎么办？如果雾尾君放屁的声音很响的话”、“啊？太高兴了吧”这样的对话，描绘了因他的事一喜一忧的样子。
濑名泉水（代永翼 配音）出身于演艺世家，父母和哥哥都是当红的明星艺人，唯独泉水是个普通大学生，而且还是个梦想成为漫画家的个性内向阴沉的宅男。他的这种性格，源自十年前的一次广告拍摄，泉水临时被安排出演女花童角色，当时的搭档是出演男花童的一条龙马（江口拓也 配音）。拍摄上出现的失败让泉水从此惧怕演艺圈，而与之相反的是，一条龙马在演艺道路上顺风顺水，成为了炙手可热的偶像明星，而他却一直单相思着那一个爱哭的小小女花童。 十年后泉水再次接到广告邀请，搭档仍是一条龙马。本想拒绝的泉水在家人的威逼利诱下再次女装上阵。十年后的重逢，让龙马十分兴奋惊喜，他甚至在拍摄结束后向“泉水小姐”表白，却发现，自己魂牵梦萦了十年的泉水竟然是男人？
