因为人为的过度开采,工业废料的随意丢弃,导致美丽海岛生态被破坏,变异怪物巨蛇攻击人类。主人公陈朗靠着自己的勇气带领众人逃生并牺牲性命保护家人。通过故事向人们发出了保护生态环境的预警,同时宣扬了团结、守护和爱的人性光辉。
上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。