该剧改编自清闲丫头所著同名小说。故事延续第一部的剧情，讲述三法司少年团联手“攘外”，将一个个看似毫无关联的案件抽丝剥茧、扎根串联，护百姓安宁，更守家国平安的故事。
国际大都会上海，一栋颇显平凡的公寓内，即将举行一场盛大的婚礼。正所谓天算不如人算，虽然此前经过周密准备，但是几名爱恨纠葛的孽侣乱入，以及各种意想不到的状况，令婚礼朝着难以预见的方向发展。在此之后，公寓正式更名“爱情公寓”，顺理成章迎来了7个来自五湖四海、从事不同职业并且性格各异的青年男女，林宛瑜（赵霁 饰）、陈美嘉（李金铭 饰）、陆展博（金世佳 饰）、吕子乔（孙艺洲 饰）、关谷神奇（王传君 饰）、胡一菲（娄艺潇 饰）和曾小贤（陈赫 饰）。 在接下来的日子里，这几位新新人类恋爱吵架、插科打诨，度过了一个个喧嚣又难忘的日子。爱情的萌芽也在他们的心中蓬勃生长……
原本和七公主昭华有婚约的超勇亲王拉旺多尔济因他人谣言而拒婚，昭华却在追求超勇亲王的过程中发现从小到大就爱跟自己争抢的思婉格格也喜欢上了超勇亲王，傅恒的儿子福康安为昭华出谋划策，同时璎珞也教导其行为，最终赢回了亲王的心，但是在这个过程中，福康安却也对昭华产生了情愫 。
1942年3月19日傍晚，一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。 笃信者此次携带的是此次轰炸东京的全部绝密计划，与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码，一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！ 笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。日军对岛屿实施了严密的封锁，派人上岛营救几乎是天方夜谭。面对这个不可能完成的任务，军事情报部门不得不启动了一支长期静默的情报组，唤醒了驻扎日本的情报员伐木工----
洪七公（魏骏杰 饰）原是含着金汤匙出生的富家子弟，然而不满丰衣足食之生活，喜欢四海结交好友，更同丐帮众人交往甚密。丐帮表面平和，内里却分为“净衣”和“污衣”两派，两派之间斗争日益激烈，洪七因爱上了净衣派长老的女儿程雪芯（黄晓燕 饰）而被卷入了斗争之中。 段智兴（郑伊健 饰）从小和母亲相依为命，长大后，受母亲所托，他千里迢迢来到云南，只为了寻找生父段王爷。然而，段王爷的弟弟策划了一个阴谋，使得段智兴的母亲最终为救段王爷而命丧黄泉，段智兴因此记恨父亲。洪七公和段智兴是结识多年的好友，彼此之间结下了坚实的友谊，之后却因为《武穆遗书》和奸人挑拨而产生误会，反目成仇。
民国初年，徐警长（张国强 饰）因一桩案件与洋行的景氏（蒋志光 饰）结下不解之缘，并各获赠一幅油画用作纪念当日破案有功。多年后徐警长的后人依旧以投身警界为荣，人称犀利妹的徐小丽（杨怡 饰）便是警队的一名干将。加入重案组之后的徐小丽跟随上司卢天恒（马国明 饰）侦破一件又一件 棘手的案件，从旁一直用专业物理学知识辅佐他们的是卢天恒的校友，同时也是大学的副教授、景氏后人景博（林峰 饰）。 出生寒微的徐小丽对景博的佩服逐渐变成爱慕，景博也对关心照顾自己的徐小丽日渐倾心。但因两家家世悬殊，父母的阻拦让景博决定放弃这一段感情。另一边，花花公子卢天恒与密友敏嘉（廖碧儿 饰）一直维持着亦是朋友亦是恋人的暧昧关系。却不料敏嘉突然有了爱人，并想与之结婚。令人焦灼的案件层出不穷，这两对年轻人的爱情又将如何继续……
