本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。rn在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。rn在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
欢迎回到小马利亚，这里处处弥漫着小马的魔法。在好伙伴力力、希悦、小艺、琪琪和英奇的带领下，冒险旅程即将展开！在收集了团结水晶让小马们的生活重新充满了友谊和魔法之后，魔法对于所有小马们来说仍然是全新的体验，似乎有些小马们对于魔法的回归仍旧心存芥蒂，与此同时奇奇似乎开始注意到了团结水晶力量正在衰退，她决定找出这异常的原因
