千年前,神将飞蓬与魔尊重楼于新仙界中大战,神剑“照胆”跌落人间,飞蓬被贬下凡。千年后,蜀山锁妖塔震荡,获得魔剑的飞蓬转世——景天,与唐雪见、徐长卿及紫萱几人开始了一场为收集五灵珠封印锁妖塔的冒险。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
陈锋意外获得现世与末世废土双向穿越的能力,没有选择独行倒卖,而是带着丧尸样本与基因药剂主动向国家坦白,并当众展示穿越能力,将整个末日世界“上交”国家。国家迅速成立“火种计划”指挥部,开启跨世界战略布局。陈锋带领现代化特种部队重返废土,以精准步枪、装甲战车、远程火箭炮对丧尸潮、废土军阀与变异暴君实施降维打击。同时,末世黑科技反向赋能现世,推动科技跨越式发展,也引来敌对大国的觊觎与围堵。故事围绕国家机器碾压末日怪物、双线崛起展开,展现跨世界争霸与文明升级的宏大征程。