“信号塔大战”后，熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城，找寻缩小器的回家之路更是状况频出，但他们从未放弃希望，最终与小动物们合力拯救小镇，呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。
大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧，其中格外有天赋者，则能够获得试用“魔具”作为武器的特殊能力。 个性傲娇的青梅竹马天谷春恋（下屋则子 配音），率真坦诚的栉八稻穗（野水伊织 配音），桀骜跋扈的姬神木灵（矢作纱友里 配音），在繁忙又惊险的学习生活中，大山和这些可爱的女孩子们之间产生了坚实的友谊。而随着能力的逐渐提升，大山发现，他们似乎被卷入了一场声势浩大的战争之中。
随着和平的到来而走向近代化的木叶忍者村。高楼林立，巨大显示屏中播放出影像，连结各区域的电车在村里奔驰。虽说是忍者村，但一般民众也增多，忍者的生存方式也在逐渐改变的这个时代—— 村子的领袖，第七代火影·漩涡鸣人的儿子慕留人，进入了培育忍者的学校“忍者学校”。周围的学生们带着“火影的儿子”这样偏见的目光看待慕留人，但慕留人凭借天生的破天荒性格将这种小事轻松越过！ 慕留人与新的伙伴相遇，他将如何挑战突然发生的神秘事件？ 在众人心中如疾风般狂奔的“漩涡慕留人”的物语，现在开始！！
将清纯可人的“租借”女友·水原千鹤介绍给家人和朋友，谎称她是“真”女友的废柴大学生·木之下和也。 在无法说出真相的情况下，和也继续维持着这段“虚假”的关系。在共同经历各种事件的过程中，他内心对千鹤的“真实”感情日益加深。 电影制作的众筹活动成功之后，和也终于下定了追求千鹤的“决心”。 然而另一方面，个性略显强势的“临时”女友·更科瑠夏，却以比以往更加积极的态度向和也逼近……！ 更雪上加霜的是，知晓和也与千鹤“真实”关系的小恶魔系前女友·七海麻美突然接近千鹤，引发了紧张局面！？ 故事卷入周遭人物，愈发白热化！ 而后，舞台转移到了水族馆！！
