在一次危险的任务中，叶胜辉（陶大宇 饰）开枪误伤了一名无辜的女学生，这场意外令叶胜辉的事业跌落了谷底，不仅如此，他的精神亦走到了濒临崩溃的边缘。上司将叶胜辉送往了心理医生李嘉雯（李珊珊 饰）处接受心理治疗，对于出现在叶胜辉身边的种种诡异事件，李嘉雯只当它们全都是叶胜辉的幻觉。 叶胜辉被调到了古董仓工作，在那里，有一颗摆放了二十五年无人认领的人头，当死者的弟弟江文杰远道而来认领尸首时，道出了此案和曾经的灭门惨案之间千丝万缕的关联，所有的矛头都指向了一位名叫陈石的男人。之后，当叶胜辉重新来到灭门惨案发生现场之时，震惊的发现，自己竟然获得了能够看到鬼魂的特殊能力。
故事发生在民国初年，霍家和赵家是当今武林界内的两大巨头，一直在为了谁才是秘宗拳的正宗的问题争得面红耳赤。霍元甲（黄元申 饰）是霍家的四子，人们都不看好从小就体弱多病的他，亦不准备传授他武功，然而，悟性极高的霍元甲居然自行悟出了迷踪拳，并在两家人约定比武的当天使出迷踪拳，打败了对手程天啸，哪知道程天啸受到了巨大的打击，竟然撒手人寰，他的徒弟陈真（梁小龙 饰）为了替师傅报仇，拜了霍元甲为师，伺机而动。 一行人来到了天津，武功高强的霍元甲很快就吸引了日本人的注意，遭到了追杀，他们只能带着倩男（米雪 饰）逃往北京，设立了精武门。
《铁齿铜牙纪晓岚3》由“好女争锋”、“假作真来真亦假”、“江湖江湖”、“辨奸计”和“胭脂红”五个单元故事组成。故事由神秘的江南女子陆琳琅（张庭饰）的出现而变得一波不平一波又起。陆姑娘深受乾隆（张铁林饰）宠爱，暂住纪晓岚（张国立饰）府上。然而和珅（王刚饰）早知陆姑娘身世， 为斩草除根，多番设计陷害陆姑娘。幸得纪晓岚解救，并一洗陆家冤情。然而这三个老男人却都陷入了儿女情长的重重矛盾中，本不平静的京城更是风波不断。 由“铁三角”张铁林、张国立、王刚主演的系列电视剧《铁齿铜牙纪晓岚》，至2009年已发行四部。作为该系列电视剧的第三部，本剧集不仅由这三位老戏骨继续联袂演绎，更在人物关系的设定上，邀请台湾笑星张庭出演神秘女子陆琳琅，为本剧增色不少。
