在都立杜鹃花台高中放学后的教室里,响裕太在笔记本上一遍又一遍的画着GRIDMAN。这个世界曾经被一个少女创造、又被破坏。拯救了那个少年的心的,是从异次元来的超级代理人GRIDMAN,少女制作了拥有心灵的怪兽,以及裕太他们。在和平的世界力生活的他们,日常生活随着一身声巨响开始崩溃。
“信号塔大战”后,熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城,找寻缩小器的回家之路更是状况频出,但他们从未放弃希望,最终与小动物们合力拯救小镇,呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。