好奇心旺盛且最喜欢不可思议事物的朝日奈未来，在成为初中二年级生的春假，与魔法使少女理子相遇。在奇迹与魔法的引导下，她与理子一起变身为传说中的魔法使——「光之美少女」！未来牵起真爱的熊布偶毛芙伦与从「波纹智慧书」诞生的妖精小哈的手，携手并肩击退了威胁「魔法界」与「无魔法界（人类界）」两个世界的混沌。然而，这也意味着与大家的分别。数年后，未来等人奇迹般地再次相遇，并开始在各自的世界走向属于自己的未来。未来在无魔法界成为了一名大学生，而回到魔法界的理子则在魔法学校担任老师。毛芙伦依旧陪伴在未来身旁，而小哈则成为了从遥远的地方守望世界的存在——然而，此时魔法界与无魔法界却迎来了新的灾难……？以新灾难的预兆为契机，分别数月后再次相会的未来与理子，在击退神秘敌人的同时，两人也将直面自己的过去与未来——用「Cure Up Rapapa！」的魔法咒语，再次开始令人兴奋不已的故事。
