故事承接《鬼灭之刃 柱训练篇》。
主人公方寒在经历了残酷的仙魔斗争、同门的尔虞我诈、挚爱红怡牺牲之后，内心逐渐从懵懂少年成长为沉着果决的男人。
我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是，在这喧嚣的都市的某个角落，弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上，无数的屏幕被放置在街头，传达着政府的意志，给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 而且，这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略，他们不仅具有模仿人类的能力，而且能溶于任何物质和风景当中，潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言，而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略，世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS，那些DEUS的代理人，平时都潜伏在街道上，作为一般的市民生活，当发生了特殊事件后就接到指令，马上赶往事发地点，几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名，以代号互相称呼。 这到底是一个怎样的世界，为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁，这就是贯穿全剧的最大的谜团 这故事的主人公仁，是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里？为什么被叫作“仁”这个代号？有自己到底是谁呢？ 但是他根本无暇考虑这个，他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢？ 他最后能不能知道所有事情真相呢……
大山武（前野智昭 配音）即将进入天日学园就读，在这所由女子学校改制而来的综合学校中，由其喜爱女孩子胸部的大山感到如鱼得水。在天日学园里，除了每天要学习的文化课程外，同学们还要学习掌握运用“元素”的技巧，其中格外有天赋者，则能够获得试用“魔具”作为武器的特殊能力。 个性傲娇的青梅竹马天谷春恋（下屋则子 配音），率真坦诚的栉八稻穗（野水伊织 配音），桀骜跋扈的姬神木灵（矢作纱友里 配音），在繁忙又惊险的学习生活中，大山和这些可爱的女孩子们之间产生了坚实的友谊。而随着能力的逐渐提升，大山发现，他们似乎被卷入了一场声势浩大的战争之中。
