进到宝石盒子里的叶罗丽战士们能打破记忆封印吗?浮云楼仙境银行里有什么秘密?被困在镜中世界的金王子,齐娜、菲灵、莫纱、荒石,又会如何呢?火领主自由了吗?辛灵仙子会复活吗?又会发生什么新的奇遇呢?黑衣人到底是谁?女王的真实目的是什么?灵公主为什么囚禁火领主?人类世界会和平吗?
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹,他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生,被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格,一场围绕他们的双使战斗也随之展开。双使是一种成对的存在,被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见,各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子,而指挥它们的主子被称为“双使师”。许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵,试图夺取他们的力量,因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
十年前,几乎毁灭世界的大灾难中,卫宫士郎被魔术师卫宫切嗣所救,成为其养子。 十年后,士郎为履行与已故的养父之间的约定——成为“正义的伙伴”,而每日不停的进行魔术锻炼。 偶然的一天,士郎被卷入了称为“圣杯战争”的魔术师之间的对决。规则是一位魔术师与一位“英灵”结成契约。所谓“圣杯战争”,胜利者可以获得圣杯来实现任何愿望。于是,七位魔术师与七位“英灵”一起加入了这个为了创造奇迹的厮杀之中。 卫宫士郎深知,十年前的那场大灾难就是“圣杯战争”引起的,为了避免悲剧再次发生,他与自己的“英灵”Sabar一起,投身于这充满危险与艰辛的”圣杯战争”之中。