自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
我们每天生活在一个似是而非的世界中。但是,在这喧嚣的都市的某个角落,弥漫着特殊神秘的气氛。这里有一个与我们的的世界完全不同的世界。在这个世界的街上,无数的屏幕被放置在街头,传达着政府的意志,给他们提供各种各样的情报。这是一个市民被情报支配的高度发达的井然有序的社会。 而且,这个世界遭受来自宇宙各种各样生命“外星人”的侵略,他们不仅具有模仿人类的能力,而且能溶于任何物质和风景当中,潜伏在街道上。他们不仅能够理解我们人类的语言,而且可以用一种完全不同的交流手段交流。 但是他们之中有人伺机寻找侵略地球甚至灭亡人类的机会。为了防御来自宇宙的侵略,世界成立了一个凝结了世界最尖端科技的特别搜查队DEUS,那些DEUS的代理人,平时都潜伏在街道上,作为一般的市民生活,当发生了特殊事件后就接到指令,马上赶往事发地点,几个人一组执行任务。代理人之间都不知道真名,以代号互相称呼。 这到底是一个怎样的世界,为拯救这个世界而出现的红色巨人赛文X到底是谁,这就是贯穿全剧的最大的谜团 这故事的主人公仁,是DEUS的代理人。但是他丧失了自己以前所有的记忆。他为什么在这里?为什么被叫作“仁”这个代号?有自己到底是谁呢? 但是他根本无暇考虑这个,他就被卷入了与外星人的战斗之中。那谜一样的女人艾丽亚给她的红色的眼镜的目的是什么呢? 他最后能不能知道所有事情真相呢……