从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」,被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后,恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
臭名远扬的圣手牧天侯突遭暗算,引发江湖震动。两位正直弟子郑东霆和祖悲秋(废柴兄弟)因此相识,为帮师弟祖悲秋找寻十年未见的妻子,也为找寻杀害师父的真凶,一个名捕头和一个富二代阴差阳错的组合共闯江湖,踏上千里送休书的冒险之旅。二人来到扬州洛家,却遭遇洛家灭门惨案并被误会为凶手,江湖称“中原双凶”。二人一个有武功不能用(郑东霆),一个有武功不会用(祖悲秋),师兄弟虽意图洗冤但江湖各派对其误会却不断加深,武林正道群起而攻之。历经漱玉楼大战,歙州夜战,聚义厅论战等险境,二人发现这是一个针对他们的大阴谋......郑东霆为维护江湖道义,在武林精英汇聚的洛阳论剑大会上,使出神剑满天星击败反派弓天影,郑东霆虽违背了不使用武功的承诺但获得江湖各派谅解。师兄弟二人论剑大会后,又踏上了西征天山,打败昆仑魔教督红花,为师父报仇的旅程......
一天,工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤,与朋友们一起来到了数码世界,在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是,在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而,为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界,他们将要努力地收集水晶(Code Crown)来保护各个领域(Zone),担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽,经过东京大决战留在人类世界一天后,相对地数码世界已经过了好几个月的时间,并落入了巴古拉军支配下的地狱世界,分裂为七个国家(Land),由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治,而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平,工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外,本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年,天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学,并与大器组成“Xros Heart”的篮球队,过着悠闲的生活,而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天,明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。