上一部结尾,尼奥(基奴李维斯 饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯莉·安·摩丝 饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。 此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
杀人越货的罪犯连续神秘死亡,人们将替天行道惩治恶人的基拉奉为救世主,警方对之束手无策。专门解决奇诡事件的天才少年L推断,基拉有97%的可能性身在日本,于是他离开洛杉矶飞赴日本。临行之前,L心中浮起淡淡的预感——自己可能再也回不来了。L与基拉——夜神月的展开了正面交锋。这时,泰国的一个小村庄被人从大地上抹去了痕迹。L并不知道有一桩足以毁灭世界的重大阴谋正在酝酿之中。L以自己的生命为代价设下陷阱准备一举击溃夜神月。不料,多年的搭档老渡意外身亡。L决定在自己最后的23天中解决老渡所留下的任务。直升机送来了一箱给老渡的礼物,里面竟是一个男孩——他是遭灭顶之灾的泰国小村的唯一幸存者。L从男孩随身携带的磁碟资料中得知,该事件与恐怖的杀人病毒有关。此时,少女真希带着父亲的遗物来找老渡,她也是这场阴谋的受害者。追踪而来的杀手已然赶到,L带着两个孩子开始了逃亡。还剩下6天,一向不擅长户外活动又失去了左膀右臂的L能否脱离危机?能否消灭人类制造可怕的死神?