从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
《电击小子3之四圣团》，承接第二季剧情，电击小子继续守护着家园的安宁。然而他们不但要提升自己的能力，更要穿越时空，奋力阻止时空海盗“四圣团”作恶。在此过程中，电击小子和伙伴们凭着自身努力和各种神奇武器，实力不断提升。同时小光等人也渐渐领悟到成长的真谛，面对挫折永不放弃。
伝説の竜の卵を求めてある街を訪れた尋海アリスは、ホラーに襲われそうになったところを、銀牙騎士ゼロこと涼邑零によって救われる。それ以来、零に興味を持ったアリスは彼に付きまとう。零はアリスをやり過ごしながらもこの街でホラーを討滅し続けていくが、やがて人間を憎悪する竜騎士エデルが復活したことから、竜を巡る戦いに巻き込まれることとなる。
