2011年,从一个约定开始。2017年,这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行,这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机,矛盾重重,生死一线,麦当一行能否突出重围?
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量,竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司!命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下,在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识,慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
《电击小子3之四圣团》,承接第二季剧情,电击小子继续守护着家园的安宁。然而他们不但要提升自己的能力,更要穿越时空,奋力阻止时空海盗“四圣团”作恶。在此过程中,电击小子和伙伴们凭着自身努力和各种神奇武器,实力不断提升。同时小光等人也渐渐领悟到成长的真谛,面对挫折永不放弃。
自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
在与暗之科学王国的战斗之后,千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价,成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击,千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程! 千空与杰诺决定短暂联手,结合彼此的知识,共同逼近那令人憎恶的「光」的真相! 为了拯救人类的未来,千空将与伙伴们携手,全力开拓属于他们的「科学之道」!!