故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
机动战士高达SEED的系列作再开。这次除了我们大家熟悉的基拉（保志总一朗 配音）、阿斯兰（石田彰 配音）等人外，还有大量新角色的登场。而故事也将演变的更为复杂，冲突加剧，战争升级。 C.E.70年2月，“血染情人节”事件的辐射效应还在地球联合军和ZAFT中延续着。二者发动了数次对抗，伤及众多无辜百姓。C.E.71年6月，地球联合军居然不顾条约发动了对中立国家奥布联合酋长国的侵略。这让少年真飞鸟（铃村健一 配音）在一瞬间失去了自己全部的亲人，而且都是在自己眼前。这件事对飞鸟的打击不小，让他这个无忧无虑的平凡少年，决定加入ZAFT。加入ZAFT，飞鸟遇到了许多挫折和坎坷，也看到了人性的残忍和无奈，最严峻的情况是自己内心始终笼罩着家人离去的阴影。飞鸟的成长在ZAFT正式开始。他和基拉、阿斯兰他们又会有怎样的交集呢？
连点头之交都没几个的我──前原真树交到了第一个朋友——朝凪海。男生们都说朝凪同学是「班上第二可爱」，而且很照顾天真烂漫的No.1美少女天海同学。这样的她只有在周五的放学后，会偷偷来我家玩。从平常能干的模样，实在难以想像私底下的她这么率直又爱撒娇。这是低调男与第二女主角之间的真实「朋友」恋爱喜剧。
远古流传着一位骑士用剑结束黑暗世界，给人们带来了光明的传说。在女主角小时候遇到了妖物，一位金色狼头的战士救了她。女主角长大后，一次去美术馆时候，遇到了变成妖物的管理员。危机中男主角钢牙出现变身成金色狼头战士再次救了她。之后故事序幕展开……
