从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。 在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。 吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。
いまだ人と、人ならざるものの世界が、分かたれてはいなかった古の物語。 三千年の時を経て復活した、魔神族の精鋭〈十戒〉との戦いに〈七つの大罪〉は敗れ、メリオダスは死んだ。 そして、ブリタニアには暗黒の時代が訪れる。 ディアンヌ、キング、ゴウセルも行方不明の中、リオネス王国に迫る〈十戒〉の魔の手。 エスカノールがエスタロッサを退けるも劣勢は続く。 そして、エリザベスが窮地に陥ったその時、圧倒的な力を取り戻したメリオダスが煉獄より復活を果たす。 〈十戒〉のグレイロードとフラウドリンは討たれ、リオネス王国は守られた。 復旧する建物。しかし、人々の恐怖に傷ついた心は癒えない。 そして、力を取り戻した事でメリオダスは、最凶の魔神と呼ばれた時代に逆行しつつあった。 キャメロットを根城にする〈十戒〉の脅威は続く。 ブリタニアを魔神族から解放する為、〈七つの大罪〉は再集結に向けて動き出す──。
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
故事发生在唐朝末年，时局动荡，无论朝中还是民间都人心惶惶。隶属于官府的神秘组织“不良人”全体失去了踪迹，同样下落不明的，还是价值连城的国库宝藏。传说中，一切的秘密都隐藏在龙泉剑上，得到了龙泉剑的人，便拥有了掌控天下的能力。 李星云自幼失去了父母沦为孤儿，被善良的隐士阳叔子收养，跟随着他练武学艺，一晃眼多年过去，李星云成长为了意气风发的少年，他和同门师妹陆林轩一起下山精进武艺，就此结识了姬如雪和张子凡。机缘巧合之下，李星云竟然得到了龙泉剑，这个消息不胫而走，引起了各大门派的警觉。他们派出杀手追踪李星云一行人，企图抢夺龙泉剑。
