这个星球上生活着不可思议的生物神奇宝贝。现在开始讲述少年小智和神奇宝贝们的相遇、冒险和战斗经历的故事。 在结束了在成都地区的旅行后 小智只带上了他最先获得的神奇宝贝——皮卡丘 来到了芳缘地方。但是在到芳缘地方的途中，皮卡丘被火箭队的攻击变得异常奇怪... 在AG中，小智和新加入的女主角——小遥，永远支持着小智的小刚，以及小遥的弟弟小胜，一起在芳缘地方，以及到对战开拓区旅行
本片根据张乐平先生同名漫画《三毛从军记》改编而成。 在战争时期，无家可归的三毛参了军。新兵训练开始，矮小的三毛穿着“巨大”的军服站在队列中，显得十分滑稽。军营的生活让三毛一时不能适应，还有一些人故意捉弄三毛，让三毛闹出了许多笑话。但是，三毛凭借自己的机智、勇敢，努力地在部队中生存了下去。三毛做过勤务兵、炊事兵，做事十分勤奋，但也常常好心办坏事，好在部队中有很多善良的人帮助他，克服难关。 作战期间，三毛虽然个子小，但是有勇有谋。歪打正着，虽然闹了些笑话，出了些洋相，但在紧急关头，却也立了大功，成了小英雄。
本剧讲述了超级飞侠乐迪和巴奇为了帮助迷路的中华穿山甲，带着悦林、护林员一起变小走进了山洞，洞穴里遇到了不同的小动物，最后在中华穿山甲嗅到特别气味时，乐迪用强力地钻开挖通道，但不幸陷在了大石里，同时还遇到了洞穴松塌的危险，这却激发了小中华穿山甲开挖洞穴的本能，大家一起到达新洞穴，发现原来中华穿山甲嗅到的是白蚁，这场救助行动最终成功训练了小中华穿山甲的觅食技能，让它迅速成长，适应独自野外生存的本领，成为森林中真正的铠甲卫士。
有更多超级飞侠加入团队，和原有电能超级飞侠一起，解锁两两合体、交换技能的全新升级模式，前往世界各地旅行，在旅行过程中邂逅世界各地的小朋友，并帮助小朋友们解决种种困难和问题。
