在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外,还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际,他们决定要攻进帕拉迪岛,把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身影……
いまだ人と、人ならざるものの世界が、分かたれてはいなかった古の物語。 三千年の時を経て復活した、魔神族の精鋭〈十戒〉との戦いに〈七つの大罪〉は敗れ、メリオダスは死んだ。 そして、ブリタニアには暗黒の時代が訪れる。 ディアンヌ、キング、ゴウセルも行方不明の中、リオネス王国に迫る〈十戒〉の魔の手。 エスカノールがエスタロッサを退けるも劣勢は続く。 そして、エリザベスが窮地に陥ったその時、圧倒的な力を取り戻したメリオダスが煉獄より復活を果たす。 〈十戒〉のグレイロードとフラウドリンは討たれ、リオネス王国は守られた。 復旧する建物。しかし、人々の恐怖に傷ついた心は癒えない。 そして、力を取り戻した事でメリオダスは、最凶の魔神と呼ばれた時代に逆行しつつあった。 キャメロットを根城にする〈十戒〉の脅威は続く。 ブリタニアを魔神族から解放する為、〈七つの大罪〉は再集結に向けて動き出す──。
26年前夜见山北中学的三年三班里,曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生,个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死,极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实,众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼,偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天,转到三年三班的榊原恒一,莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里,有位行事异于常人,孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画,拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她,但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展,班上的气氛越来越紧张,也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下,恐怖的气氛越发浓厚。
在太一一行人告别数码世界后,数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门,而数码世界的内部却没有太平多少时日,就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生,没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战,只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅(木内玲子 配音)、井之上京(夏树莉绪 配音)、火田伊织(夏树惠 配音)等人,和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等,还有新的数码宝贝参与。于是,在第一代数码人的带领下,新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……