正邪不能两立,光明与黑暗永远敌对。远古时期,正义的魔弹战士们为了世界的和平,早已开始和邪恶的魔物对抗,在双方实力平分秋色之下,魔弹战士失去了能量,而魔物的大魔王幽缘魔魂则化成原始的卵。那个邪恶的卵经过了几个世纪仍旧孕酿着复仇的杀机,新一代的魔弹战士将继承先人的遗志,继续为人类的和平奋斗。
收复玉龙国、打败天地盟主之后,神兵小将们继续过着和平的生活。 可好景不长,黑暗的势力一刻都没有停止他们的野心,元始天魔把琉璃国的国王变成了黑暗的傀儡(玄天邪帝),并且开始了对玉岛国(玉龙国的姊妹国)进行了侵略。玉岛国元首玉燕的首席侍卫宗主的女儿灵剑双子奉命驾驶女娲星船到玉龙国接南宫逸去支援,没想到南宫逸不在家,反而把问天、问雅、小龙和天晶兽接了过来,玉龙国元首知道了这件事,马上用水晶球通知其他的神兵小将到玉岛国帮助问天,一场正邪大战又开始了......
26年前夜见山北中学的三年三班里,曾经有一位名叫「misaki」的学生。她不仅是位运动天才还是个优等生,个性平易近人广受众人喜爱的她却在某日突然猝死,极度悲伤的同班同学们无法接受这件事实,众人决定到毕业之前仍想像见崎还活著般度过每一天。因此见崎的座位就这样一大早上课会有人来打招呼,偶而还会有人藉机搭话——但这段美丽的插曲却对三年三班带来某种扭曲的现象。而在1998年春天,转到三年三班的榊原恒一,莫名感到班上的气氛持续著不安感。在这样的班级里,有位行事异于常人,孤高的美少女见崎鸣——一只眼睛遮著眼罩总是独自一人在画画,拥有不可思议的存在感让恒一不禁想试著接近她,但却就此陷入更深的谜团之中。 随著故事的进展,班上的气氛越来越紧张,也有越来越多的人不知是巧合还是「诅咒」而意外生亡。在绫辻大师的笔触下,恐怖的气氛越发浓厚。