一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
保护从异世界归来的青少年的国际教育机构“BABEL”。
从剑与魔法的世界“亚列萨德”回到现实世界的凰泽晓月，是“BABEL”创立以来第一位打倒魔王的“真正勇者”。
而且，他的身边跟着被魔王托付的魔王的女儿“缪”——
像男人一样自由奔放，热爱女性的女权主义主人公·晓月，与从异世界带回来的女主角和现实世界中的美少女们一起过着稍微有点H的学园生活，另一边，他们也被慢慢卷入了学园内的权力斗争以及与学生会成员的战争中。
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