自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
令和末期,日本因全球核战影响走向衰败,大量难民涌入,更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生,引发民众暴动,国家体制崩溃,人口锐减至原来的十分之一以下,文明水平倒退至明治初期,并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后,大和历56年,生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台,一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
故事发生在二十一世纪初始,日本依旧笼罩在德川幕府的统治之下,柳生宗朗(平川大辅 配音)家中世代经营道场,宗朗本人则肩负着成为下任当家的沉重责任。尽管身为德川家康的臣子,但宗朗对幕府的独裁以及武应学园塾对于反抗学生的暴力镇压感到十分不满。他的不满招致了飞来横祸,不仅道场面临关门大吉的命运,宗朗更是遭到了学生会派出的精锐部队的追杀。 就在命悬一线之时,一位名为柳生十兵卫(悠木碧 配音)的红发少女突然从天而降击退了敌方,之后,柳生义仙(水原薰 配音)、真田幸村(钉宫理惠 配音)、后藤又兵卫(小林优 配音)等一干武江少女接二连三的出现在了宗朗的身边。
当还是很和平的时候,世界突然出现了一个企图侵略地球的邪恶军团“黑暗十字军”,地球受到无尽的威胁。在这时,联合国组成了一支地球保卫联盟的军队。这支军队被分配到不同角落,其中一支就处于日本。“黑暗十字军”开始在日本不同地区破坏。 日本各地,黑暗十字军各自选出目标,杀害反对他们的人。当大家都被杀害,其中五人奇迹生还并发誓会复仇。他们穿上特别的电子战衣,使用着普通人没法使用的超能力。指挥官告诉他们,他们是秘密的战士·“秘密战队五连者”。具有很好的机会去对抗十字军。
Freeman来到香港,却有组织内部的叛徒策划阴谋,阻止他对百八龙的继承