沉睡万年的辰南从神魔陵园醒来，在经历了一系列奇遇后名动四方。随着辰南来到央锦国遇到晨曦，新的冒险再次开启，在开元城大战、到死亡绝地寻找身世之谜、大战凌家只为求一个公正清明。在这一季，辰南会在探寻身世之谜的冒险当中不断搜寻雨馨的踪迹。
800年前的王复活了，他带领贪欲者们在世界各地大肆破坏。火野映司为了保护人类，变身成假面骑士欧兹和王进行了激烈的战斗。然而，他为了保护一名小女孩，被王所伤，在最后一刻，他许下了愿望，希望他的好伙伴安库能复活。 成功复活的安库处在一头雾水中，他找到了比奈等人，并和比奈一起找到了映司。然而在他们面前的并不是真正的火野映司，而是新的贪欲者豪达，他附身在了映司的身上。豪达提出要求，希望能和安库联手一起去打败古代欧兹。 在众人的努力下，800年前的王终于被打倒了，但一切并没有结束。想要获得强大力量的豪达吞噬了所有的核心硬币，并准备对付安库等人。安库附身到了映司身上，他们一起变身成假面骑士打败了豪达，世界因此恢复了平静。
每当黑暗污染这片大地时，一群正义勇敢的少年便会挺身而出，他们环绕在雅典娜的周围，与世间邪恶展开殊死搏斗。一代又一代，雅典娜的圣斗士们从未退却。当星矢、紫龙等圣斗士经历了无数的磨难与考验后，新一代的圣斗士也相继成长起来。他们分别是天马星座光牙（绿川光 配音）、幼狮星座苍摩（小西克幸 配音）、天鹰星座尤娜（雪野五月 配音）、天龙星座龙峰（柿原彻也 配音）、豺狼星座荣斗（柿原彻也 配音）等人。与此同时，蕴藏着黑暗小宇宙的邪恶战神玛尔斯（柴田秀胜 配音）率领斗士火星士向和平的大地逼近。圣斗士的内战再次掀起，而正义的战士们也面临着新的挑战…… 本片依据日本著名漫画家车田正美的经典原著改编。
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务…
