自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
一名有沟通障碍,却被众人称为救世主的内向少年,驾驶一架具备自主意识的大型机器人,跟随宇宙战舰离开地球,踏上消灭银河怪兽的旅程。不料却在最终决战时意外落败,当下大型机器人决定启动自爆机能,并利用逃生舱将少年送回地球。只不过当少年平安抵达地球后,映入眼中的竟是一片雪白、毫无生机的结冻地球……
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼