本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
濑尾卓也是个不起眼的平凡高一生，但他有个不可告人的小秘密：他是一部适合小女孩观赏的动画「闪亮萌宠」的狂热粉丝。有一天他带着参加抽奖幸运抽中的闪萌橡皮擦到学校，坐在他前面的辣妹．伊地知琴子突然说要借橡皮擦，便顺手抽走他手中的闪萌橡皮擦。想不到另一个走酷帅路线的辣妹．天音庆居然一眼就看出那是闪萌周边，令濑尾忍不住大吃一惊……
テレビアニメ「ポケットモンスター」シリーズの放送が10月17日（木）からスタートすることが決定したぞ！ タイトルは「ポケットモンスター ＸＹ（エックスワイ）」だ！！ ＜ストーリー＞ カロス地方の中心にある都市ミアレシティにやってきたサトシとピカチュウ。そこにはみたことのないポケモンたちの姿と新たな仲間たちとの出会いが待っていた！！ ポケモンマスターになる事を夢見るサトシ＆ピカチュウのカロスリーグ挑戦へ向けた新たな冒険がいよいよ始まる！！ 新番組「ポケットモンスター ＸＹ（エックスワイ）」 10月17日（木）放送スタート！！
