自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
在与暗之科学王国的战斗之后,千空一行人以让史丹利等人占领珀耳修斯号为代价,成功捕获了杰诺。为了躲避猛烈追击,千空一行人以石化光线发源地南美为目标启程!千空与杰诺决定短暂联手,结合彼此的知识,共同逼近那令人憎恶的「光」的真相!为了拯救人类的未来,千空将与伙伴们携手,全力开拓属于他们的「科学之道」!!