山海妖星？时空裂缝？如何阻止妖族入侵拯救沧元界？
故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
一夜间惨变孤儿的张小凡被青云门收为弟子，经过五年刻苦修炼，他在师门七脉会武上大放异彩，后被派往空桑山打探魔教行迹，旅程中，他与师姐陆雪琪遭遇危难，并结识救护了魔教女子碧瑶，同时，新的危险也在前方等待着他。
少年林动为寻吞噬祖符下落，深入大荒古碑，不断潜心修炼，终于迎来族比之战… 面对将父亲打成废人、对自己痛下狠手的对手林氏天才林琅天，林动心中屈辱难平，亟待雪耻逆袭！
古争锋本是守护神龙星的神龙，在上古与外星敌人的战斗中身受重伤故陷入了长久的沉睡。时光荏苒，再度苏醒的古争锋发现神龙星早已物是人非，而昔日受人敬仰的神龙也成了人们口中的恶龙，为了调查真相，也为了取回藏在龙王学院的宝藏，古争锋化为人形以导师的身份进入龙王学院，却阴差阳错地成为屠龙系的老师，为此古争锋一面悉心教授学员，一面努力找寻宝藏，几番调查下，古争锋发现龙王宝藏的知情人皆已离世，眼下唯一的线索可能在副院长夜江雪的手中。在接近夜江雪的过程中，古争锋多次出手协助，让夜江雪沉寂已久的内心泛起一丝涟漪，而与此同时，古争锋也被一股神秘力量盯上，躲避了多次暗杀行动后，古争锋感觉旧时的威胁正在逐步逼近，而找寻宝藏恢复力量，锻炼学员组成新的神龙军团抗击敌人迫在眉睫……
