全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年——拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石头世界里，千空集结新伙伴的力量一起建立“科学王国”，最终目标是用科学的力量复原整个世界。但是，由灵长类最强的高中生狮子王司领导的“武装帝国”却步步为营。旨在净化人类的司试图通过使用强大的力量来阻止科学的发展。 科学 vs 武力的战斗经过激战，千空等人的科学王国占优势，之后两国终于和解。 由于同伴的谋反而处于冷休眠状态的司为了复活全人类，科学王国以石化光线的发生源、地球的背面·新世界作为目标！ 冲出世界解开石化之谜！石头世界大航海时代终于开幕——‼
2010年11月“β世界线”——主人公·冈部伦太郎跨越无数的苦难与悲哀，终究还是放弃拯救“她”的世界线。跌落失意谷底的冈部伦太郎。担心着他的同伴们。没能得到拯救的“她”将会变得如何？迎来新的角色，描绘而成的“零”之物语。
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
