故事发生在战国时代，普通人家出身的男孩猪名寺乱太郎祖辈曾是忍者，在父亲的劝说下，他离开家乡摄津，进入当时一流的忍者学园学习。在学校，他认识了与之同龄的新兵卫和雾丸。新兵卫是一个出身富商家庭的小胖子，为人迷迷糊糊，对吃尤为感兴趣；雾丸则是身世贫苦的孤儿，为人精明，贪财吝啬。这三个性格迥异却的小家伙成为好朋友，他们最大的共同点就是经常因为考试不及格受到处罚。当然，以校长大川平次涡正为首的老师们也都是性格古怪且鲜明的爆笑人物，乱太郎他们和周围的同学、老师一起上演了连番搞笑、有趣的精彩好戏…… 本片根据漫画家尼子騒兵衛原著《落第忍者乱太郎》改编，改编成动画时，因NHK电视台的禁忌而将“落第”二字去掉。
高三生高桥美咲（樱井孝宏 配音）被哥哥介绍来到了补习老师家，发现他居然是大名鼎鼎的小说家宇佐见秋彦（花田光 配音），外表华丽性格却恶劣有可怕的起床气，还会写些以哥哥为主角的耽美小说。美咲对秋彦的第一印象可谓糟糕透顶。但在补习之中，随着美咲对秋彦认识的加深，看到了秋彦对哥哥的痴心，爱操心烂好人的美咲渐渐对秋彦产生了感情…… 大学老师上条弘树（伊藤健太郎 配音）单恋着青梅竹马的伙伴秋彦，但最终宣告破裂。偶然机会下，遇到年下的男学生草间野分（神奈延年 配音），弘树答应做野分的家庭老师。二人在加深的交往中，逐步了解和相互吸引。但弘树能否忘记秋彦，投入到这段感情中呢？ 弘树的同事宫城庸（井上和彦 配音）和自己上司的女儿离婚了，却被从美国归来的前妻的弟弟强势告白。起先觉得麻烦的庸也在高槻忍（岸尾大辅 配音）不屈不挠的攻势下，被渐渐打动，一方面觉得这样为他拼命的忍很可爱，另一方面却仍纠结于自己的初恋。二人最终能否走在一起呢？
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。 三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务…
