夜晚，洛洛在家里玩电脑游戏，突然落雷击中大厦，洛洛被传送到一个陌生的世界里。醒来之后，洛洛发现自己竟呆在一个以他最喜欢的机战游戏作为背景的虚拟世界。过不多久，茫然的洛洛就遭到猛兽族黑铁兽的袭击，差点小命不保，幸好时光之城的大将霹雳火及时出现将他救下，才避过猛兽族的追杀。洛洛与霹雳火结识成为朋友了，命运滚轮的转动无法避免，机战世界开始书写新的章程。
面前出现一个自称是恶役大小姐有趣的婚约者，这么有趣，观察观察她也是不错的乐趣呢~
萧炎（刘三木 配音）曾是家族里公认的斗气天才，年仅11岁便已经抵达了常人穷尽一生都无法修炼到的境界。可12岁那年，一场意外让萧炎的全部努力都化为了乌有，失去一切的他体会到了人情的冷暖和世态的炎凉，之后，萧炎和纳兰嫣然（鬼月 配音）许下了决斗的三年之约，来到魔兽山脉，在身世神秘的药老（黑石稔 配音）手下修炼。 三年间，萧炎的身影穿梭在塔戈尔大沙漠和加玛帝国黑岩城等地，结识了云芝、小医仙（醋醋 配音）等志同道合的好友，并且最终获得了强大的力量。三年一晃眼就过去了，萧炎毫无悬念的战胜了纳兰嫣然，却没想到，他的故事和劫难才刚刚开始。
一天，工藤大器偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。 被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。 与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，天野音音的弟弟-天野悠入读大器所读的中学，并与大器组成“Xros Heart”的篮球队，过着悠闲的生活，而队伍中还有一名尊敬著大器学长的成员-明石激。一天，明石激被卷入了“数码晶界”所发生的异变之中。
