第三季《昭雪》将紧接第二季结尾,从丹尼尔签署认罪协议的那个下午开始。协议会被认可吗?丹尼尔是否将离开小镇?而当一具遗体被警方发现时,法务部门再次向丹尼尔索取答案。阿曼莎尝试从丹尼尔的事情中抽身,开启新的生活。与此同时,托妮和小泰则试图借昔日时光以探索两人婚姻的未来。珍妮与泰德的婚姻,同样也因为丹尼尔的作为而开始经受考验。
故事发生在民国初期,廖思成(刘小锋 饰)和方天翼(张若昀 饰)是富商顾汉森收养的义子,两人和顾汉森的亲生女儿顾婷(吴婷 饰)一同长大,彼此之间情谊十分深厚。从黄埔军校毕业之后,廖思成前往日本深造,在此期间,他邂逅了美丽的日本女子大岛由美(章雯淇 饰),两人相知相恋,无奈九一八事变爆发,廖思成告别了爱人,回到了祖国。 那一边,勇敢聪慧的方天翼深受戴笠(吴秀波 饰)的喜爱和信赖,戴笠赋予了他“黑狐”的代号,隐藏在此假面之下,方天翼在顾婷和同僚俞梅(李曼 饰)的帮助下,同日本人和汉奸斗智斗勇,可实际上,俞梅和廖思成一样,是隶属于中国共产党的地下党员。
原本和七公主昭华有婚约的超勇亲王拉旺多尔济因他人谣言而拒婚,昭华却在追求超勇亲王的过程中发现从小到大就爱跟自己争抢的思婉格格也喜欢上了超勇亲王,傅恒的儿子福康安为昭华出谋划策,同时璎珞也教导其行为,最终赢回了亲王的心,但是在这个过程中,福康安却也对昭华产生了情愫 。