山海妖星？时空裂缝？如何阻止妖族入侵拯救沧元界？
在不远的未来，地球迎来了一位神秘的天外来客——帕莫，它是宇宙智慧文明希尔人的运输飞船，携带着6400万年前消失的恐龙重归地球。希尔人在将恐龙带到地球的同时，也给人类带来了先进的基因技术，人类由此进入了一个全新的时代。 然而，邪恶组织却利用先进技术培育出了危险的变异恐龙，妄图统治人类世界，英勇的X26小队再次出战，通过激烈的战斗，最终将邪恶组织消灭。可是，变异后的恐龙却以超过人类想象的速度迅速进化。 百年之后，恐龙已经占据了地球绝大地方，人类生存空间仅限于地下。一位恐龙基因的合成人，在寻求自身命运的同时，发现了埋藏在历史中的真相。踏上了一条消灭变异恐龙、复兴人类文明的艰险之路。
故事以TV版为基础，战斗所剩下的骑士只有六人：城户真司(龙骑)、秋山莲(夜骑)、北冈秀一(钢兵),浅仓威(王蛇),雾岛美穗(FEMME)和神秘的龙牙RYUGA。雾岛美穗成为 骑士的目的是要杀死浅仓为姊姊报仇，并令姊姊复活。而北冈正是帮浅仓脱去杀人罪的律师，他因内疚而多次帮助美穗，可惜美穗并不接受，令他意兴阑珊的退出 骑士之间的战斗。为了报仇的美穗不理真司的阻止，仍多次与浅仓战斗，却反而令自己陷入危机，当浅仓向美穗下毒手时，龙牙突然出现解救美穗，并以强大的力量将王蛇压倒 ，令美穗成功杀死浅仓。由於美穗以为是真司救了她，便相约他出来吃东西希望报答他，而真司和美穗的感情亦得以发展，可惜这个美好时刻却被邪恶的 龙牙破坏。镜世界中的真司(RYUGA)假冒真正的真司袭击美穗，美穗於是与龙牙战斗但不敌，虽然美穗被真司所救，但最後因伤重而死…。 另一方面取回小时候的记忆的优衣，知道神崎士郎发动战斗的目的是为了自己(详情请看TV版剧情简介的部份)，於是她决定以自杀来阻止神崎士郎的疯狂行为 。另外真司亦知道自己是小时候间接害死优衣的人，令他感到非常内疚。此时镜世界中的真司出现，并欺骗真司说和他合体可拯救优衣，合体後的龇牙以最强Rider的身份向 放夜骑作出挑战。 得悉优衣已死的神崎士郎受不了打击，在痛哭嚎叫下消失了，镜世界中的成千上万蜻蜓怪因而失控，飞到现实世界袭击人类。战斗中的夜骑与龙牙终於发现优衣的屍体 ，在这个冲击下真司竟从龙牙的身体中分裂出来，并和龙牙作宿命决战。 最後真司和莲变身成SURVIVE形态，骑著契约兽飞向成千上万的蜻蜓怪，与它们作最後决战，走向未知的未来…。
800年前的王复活了，他带领贪欲者们在世界各地大肆破坏。火野映司为了保护人类，变身成假面骑士欧兹和王进行了激烈的战斗。然而，他为了保护一名小女孩，被王所伤，在最后一刻，他许下了愿望，希望他的好伙伴安库能复活。 成功复活的安库处在一头雾水中，他找到了比奈等人，并和比奈一起找到了映司。然而在他们面前的并不是真正的火野映司，而是新的贪欲者豪达，他附身在了映司的身上。豪达提出要求，希望能和安库联手一起去打败古代欧兹。 在众人的努力下，800年前的王终于被打倒了，但一切并没有结束。想要获得强大力量的豪达吞噬了所有的核心硬币，并准备对付安库等人。安库附身到了映司身上，他们一起变身成假面骑士打败了豪达，世界因此恢复了平静。
一说到菠菜，很多人的第一反应就是大力水手。因为这位叼着烟斗的水手，菠菜的知名度和销售量大大提升。诞生于1929年的大力水手波普，最早见于美国《Thimble Theatre》连环漫画上，波普的生父是来自美国伊利诺伊州彻斯特镇的连环漫画家埃尔兹•西格。波普和他可爱的女友奥利弗在现实生活中都确有其人，而他们就住在彻斯特镇，因此他们的形象才会真实地受人欢迎。大力水手的风靡成了一种风潮，当地菜农广种菠菜，2004年纽约大厦为了纪念其诞生75年，通体变成波普最爱吃的菠菜的颜色。 这是自1933年被拍成短片以来，最新的一版动画。
