"大千世界，位面交汇，万族林立，群英荟萃，一位位来自下位面的天之至尊，在这无尽世界，演绎着令人向往的传奇，追求着主宰之路。
工藤新一，米花高中二年级学生，与小兰是青梅竹马，两人感情很好。继承了父亲的超强推理能力，被誉为高中生名侦探。他喜欢看推理小说，最崇拜福尔摩斯，另外踢足球的水平也是一流。不幸被卷入黑衣组织的交易被灌下毒药APTX4869，但是没有死，只是变成了小孩，改名江户川柯南（取自两个侦探小说里的人名）。幸亏智力没有衰退，还可以帮着毛利小五郎办案以寻找黑衣组织的线索，而体力上的不足靠阿栗博士的发明来弥补。变小后就读于米花小学1年纪B班，认识了步美、元太、光彦三人，还成立了少年侦探团。不管是变小前后，都是音痴，唱歌走音非常夸张。知道他真实身份的有：阿栗博士、他父母（听博士说的）、服部平次（与柯南一起破案过程中自己发现的）、怪盗Kid（与柯南的较量中自己发现的）、灰原 哀（变小前奉黑衣组织之命调查新一时发现的）。因为变小后有和小兰一起洗澡，还睡同一张床，所以柯南最怕自己的真实身份被小兰知道，否则小兰的空手道攻击可不是说笑的.
由大帝王GUBIRA所率領的暗黑銀河最大犯罪組織-不思議界FUMA，對銀河展開全面的侵攻；而地球也不例外。就在此時，巴特星的宇宙刑事養成所正在培育的刑事們奮起抵抗，而其中一人就是負責保衛地球的宇宙刑事夏依達。 為了要使夏依達得到更有力的幫助，總部派遣了另一名女的宇宙刑事－安妮來幫忙夏依達辦案；也由於她的功夫了得，使夏依達可以更放心的與FUMA一族作戰。
