由于宇宙中的两颗彗星正面撞击了地球,致使地表生态遭遇毁灭性打击,造成恶劣后果。全人类不得不躲藏在地堡中求得生存。身为科学家的约翰·加里蒂(杰拉德·巴特勒 饰)带着一家人劫后余生,幸存了下来。虽然他们躲过了第一波的冲击,但是他们所在的地堡中剩余的生活物资逐渐减少,其他幸存的人类也开始蠢蠢欲动。迫于压力这一家人必须离开格陵兰岛的安全掩体,开始踏上危险的旅程。在这一路上他们无奈的发现,整个欧洲已经被毁灭,变成了冰冻荒地。于是一家人只能再次被迫上路,最终,他们找到了新的栖身之所。
1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子 饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二 饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美 饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸 饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬 饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧,五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾,一路无视特生自卫队的攻击来到了品川,令城市变成了一片火海。面对如此情景,五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉,机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
母亲去世后,瑞拉(莉莉·詹姆斯 Lily James 饰)的父亲迎娶了美丽的特曼妮夫人(凯特·布兰切特 Cate Blanchett 饰),特曼妮夫人还带来了她的两个女儿安泰西亚(荷丽黛·格兰杰 Holliday Grainger 饰)和崔西里亚(索菲·麦希拉 Sophie McShera 饰)。瑞拉本着善待他人的善良之心和继母与两个姐姐和平共处,然而,这一切却在父亲去世后发生了翻天覆地的变化。 失去了父亲的庇护,瑞拉彻底沦为了特曼妮夫人的奴隶和家中的女佣,可是,即使饱受亲人们的压迫与侮辱,瑞拉依然决定留下来,守护这个家庭。一次偶然中,瑞拉邂逅了名为基特(理查德·麦登 Richard Madden 饰)的男子,然而,她并不知道眼前这个充满了魅力的年轻人贵为王子,还以为他只是区区侍从。王子在王宫里举办了大型的宴会,邀请全国上下的少女们前往参加,瑞拉也想去,但特曼妮夫人显然并不喜欢她的这个主意。