影片聚焦杰克·萨利与奈蒂莉一家的命运起伏，在前作的情感余波之上，深刻描绘一个家族在战火中如何成长、并共同守护血脉相连的情感纽带的历程，从而将故事推向更具张力的全新维度。此外，潘多拉的全新领域也即将揭晓——观众将首次邂逅“风之商人”这个崇尚和平的全新游牧民族，他们乘坐独特的浮空生物飞船穿梭于各部落间，交易货物、传递信息。而更具颠覆性的是“灰烬族”的登场，这个以掠夺为生、性情凶猛的族群，与大地之母爱娃之间有着深刻的矛盾。他们的出现，将撕开潘多拉不为人知的黑暗传说。当弑亲之仇与部落恩怨交织，潘多拉的命运悬于一线——在这场跨文明的复仇之战中，人类与纳威族将如何抉择，才能真正守护各自的家园与未来？
战国时代，琵琶湖附近的一个小山村里住着源十郎（森雅之饰）和妻子宫木（田中绢代饰），还有妹夫藤兵卫（小泽荣饰）、妹妹阿滨（水户光子）。他们以开小瓷窑、烧制瓷器为生，战乱中，源十郎想趁着战乱发一笔横财，而藤兵卫则想着成为一名武士，出人头地。 二人带着烧制好的上好瓷器离开家乡去市镇变卖，果然赚到一大笔钱，源十郎甚至碰上了一位美若天仙的贵族小姐若狭（京町子饰），雨云之欢，乐不思蜀。一天晚归的源十郎被一僧人告知是否遇见什么不干净的东西……。而藤兵卫也如愿以偿地成为了武士，撞大运碰上美事，好不威风，但他居然在寻欢之时遇见了妻子……，骇人的事实摆在了他们的面前。
情侣梅西与切斯进山徒步，意外发现林中钉满娃娃的诡异祭坛。切斯失踪后，梅西寻找时遭遇戴娃娃面具的巨型怪物 “多莉”，被绑架至深山木屋。多莉强行将梅西当作 “活娃娃” 抚养，梅西必须在怪物的囚禁与折磨中，拼尽全力逃出生天，揭开怪物的恐怖真相。
