月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
故事发生在宁静的山村小镇中，个性有些害羞的少年桐岛青大（细谷佳正 配音）就居住和生活在这里。小镇的生活平和美好，但对于青大来说，依然有一个小小的烦恼萦绕在他的心头。那个名叫神咲七海（早见沙织 配音）的少女，她的身影总是不经意的出现在青大的视线中，而青大也不自觉的追随着七海的脚步。枝叶柚希（中岛爱 配音）的出现打乱了青大的生活节奏，这个性格直率活泼的女生居然自说自话的寄宿在了青大的家中，青大和柚希的同居生活就这样开始了。 除了柚希和七海外，还有一个女生的存在让青大感到格外在意。作为青大的青梅竹马，加贺月（高野菜菜 配音）的开朗性格显得格外富有魅力，徘徊在三个女孩子们中间，青大究竟该如何选择呢？
在遥远宇宙的最深处，有一颗名为塞博坦的星球。数千万年前，一种高级智慧生命体为了某种目的开发出军用和民用两种机器人，但是随着各种事件的发生和机器人不断进化，机器人最终取得独立和自由。他们分别称作狂派（霸天虎）和博派（汽车人），双方为了争夺塞博坦的统治展开旷日持久且不断升级的战争。时至今日，能源枯竭的塞博坦迫使博派向外寻求能量，而狂派尾随而至，双方最终来到了地球。自此以后，双方在擎天柱和威震天的率领下，以地球为据点展开新一轮的较量。神乎其神的变形能力，不断得到开发的新型战士，以及彼此全力争夺的能量块。宏伟的变形金刚故事缓缓拉开大幕…… 本片为孩之宝公司为配合相应的玩具销售而制作的经典系列动画。
