令和末期,日本因全球核战影响走向衰败,大量难民涌入,更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生,引发民众暴动,国家体制崩溃,人口锐减至原来的十分之一以下,文明水平倒退至明治初期,并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后,大和历56年,生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台,一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
冰皇海波东曾经是一位冷血的杀手,接到雇主的任务前往沙漠寻找一名蛇族蛇女,在带回蛇女的时候发现蛇女已经失忆。在此期间海波东了解到蛇族同样在寻找这名失忆的蛇女,同时还遇到了一位神秘黑衣蛇人与她多次交手最终被其所重伤。海波东为了完成任务,带着重伤将蛇女带到自己的藏身之所治疗伤势,一路上遇到了各种危险……
“信号塔大战”后,熊大、熊二和光头强的缩小器再度遗失。三人组合继续留守不夜城,找寻缩小器的回家之路更是状况频出,但他们从未放弃希望,最终与小动物们合力拯救小镇,呈现了一场精彩惊险的微观世界冒险之旅。