自那之后已经过去了5年。Amazon几乎被驱除,世界趋于和平。但是被Amazon细胞感染的普通人Amazon化的现象在持续发生扩大,为此政府组成了新组织4C,秘密驱除Amazon化的人类。 其中,幼年时期被Amazon养大的少年·千翼变身假面骑士Amazon Neo与Amazon战斗。但在被生来的吃人冲动所驱使的他的面前出现的是,变身为乌鸦Amazon并作为生物兵器战斗的少女·优。对于这样的优,他第一次没有产生“想吃”的想,并被她吸引着。而优的真面目是被Amazon化的父亲杀死后,作为Sigma型而复活的Amazon。
这个世界里,人类被视为劣等种。冒险者小队「种族会」中负责扛行李的人类少年‧莱特,在世界最凶险的迷宫「奈落」深处遭伙伴放逐,甚至想取他性命。为了在「奈落」活下去,莱特自暴自弃地用了唯一的技能《无限扭蛋》,结果竟召唤出强大无比、「等级9999」的伙伴们──!之后过了三年,莱特自己也升到了等级9999。带着对自己忠心耿耿又怀有好感的美少女们(而且所有人都是等级9999),他以压倒性的力量开始进军地上!!
2011年,从一个约定开始。2017年,这是我们共同的奇迹。阔别六年再飞行,这一次麦当、咕咚和笛亚在木星遭遇有史以来最大危机,矛盾重重,生死一线,麦当一行能否突出重围?
当艾伦释放出巨人的终极力量时,世界的命运岌岌可危。怀着消灭所有威胁艾尔迪亚的人的强烈决心,他率领一支不可阻挡的巨人大军向马莱进击。