一个神秘爬行动物的到来，把温馨的动物城搅动得天翻地覆。面对全新的城市危机，警官兔朱迪（金妮弗·古德温 Ginnifer Goodwin 配音）与狐尼克（杰森·贝特曼 Jason Bateman 配音）将继续携手为保卫动物城而奔波。在追捕行动中，这对老搭档不仅要揭开新角色的神秘面纱，还要前往被迷雾笼罩的新领域，探索未知的地下黑市，一场疯狂动物城的全新冒险即将展开……
不久的未来，人类的世界早已拥挤不堪，迈向星河、寻找新家园的行动迫在眉捷。正当一切有条不紊的推进之时，月相异动，脚下的大地爆发了长达数十年、剧烈的地质变化，人类在这场浩劫中所剩无几。当天地逐渐恢复平静，人们从废墟和深渊中重新踏上了这片熟悉而又陌生的大地。习惯了主宰一切的我们是否还是这个世界的主人？
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在乐阳和小灵兽还有朋友们相识多年后的未来，因不满科技发展导致的严重污染，有人利用高科技小灵兽搞破坏。真诚正直的小璘为了保护小灵兽们来到乐阳的时空，但掠夺者也一起来了。了解到小璘对未来世界美好环境的向往，乐阳怀着对伙伴的关切之心，联手小璘还有朋友们一起守护小灵兽，阻止掠夺者破坏环境。乐阳和朋友们凭着热诚的心，与小灵兽为伴，一起终结环境危机。
