舞台是近未来的日本，过着普通高中生生活的才贺淳贵听闻10年前便下落不明的父亲的遗体在岩手县黑神山的遗迹中被发现，便急忙赶赴那里。然而才贺在遗迹中却看到了不可思议的幻觉。他的手腕上出现了一个金色的腕轮，上面刻着神代文字“使用者 REIDEEN”。与此同时，巨大的陨石从空中落下、湖中出现了巨大的机器人……
修真奇才王令身怀足以颠覆世界的能力，却只想过普通人的平静生活。阴差阳错进入六十门修真学园精英班的他结识了一众同学，在灵剑大赛上挫败了杀手组织“影流”的计划，收获友谊的王令决定继续用自己的力量守护这平静的日常。然而事情真会如他所愿吗？
