故事舞台是在机动战士高达中的一年战争终结后七年。战争结束后一部份吉恩公国军事势力并未降伏继续在各地与地球联邦军发生军事冲突，因此地球联邦军内部强力主张追杀吉恩残余份子的激进排他势力泰坦斯（Titans）结成。由于泰坦斯对宇宙住民的强硬血腥镇压的手段，反势力奥干A.E.U.G.(台湾翻译为奥干，港译为奥古)结成。故事的开始于宇宙世纪0087年（U.C. 0087），前半主要围绕奥干和泰坦斯两派系的对抗，中段吉恩残余份子上阿克西斯(港译为阿古捷斯)登场，与奥干、泰坦斯角力周周旋，展开激战。
性格内向的小学四年级男生阳向，默默喜欢着班上的人气女孩时雨。两人拥有着共同的爱好——喂养学校的小鸟。在一次偶然中，阳向和时雨开始有了接触，两人渐渐拉近了彼此间的距离。对未来发展充满希望的阳向在心中描绘着与时雨共处的美妙情景，然而天有不测风云，不久后对方要转校的消息传来，悲伤的阳向变得无精打采，却迟迟无法开口倾诉自己的感情。到了时雨即将离开的这一天，阳向终于打破了心中鸟笼的桎梏，下定决心奔跑起来。“我想说的是——我喜欢你，时雨同学！”阳光中的青时雨，与心中幻想的那只天鹅一同飞翔的阳向，能否将自己的心意传达给时雨呢？
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