沈安落魄之时收到了一条来自未来自己的短信，让他趁着灵气复苏之前准备好去千灵山，吸收灵气为即将到来的全民修仙时代做准备。在未来自己三番两次的成功预言后，沈安终于相信开始准备前往千灵山吸收灵气，期间偶遇了特殊部门的美女白微微。白微微一行也在寻找灵气出现的地方，奈何比沈安晚了一步，所有灵气被沈安全部吸收。白微微察觉到沈安不是普通人一直派人跟踪监视，沈安身上的秘密也逐渐浮出水面，在未来自己的指引下，沈安找到了当初陷害自己的人并且成功报了仇，又帮助特殊部门重建了地球，保护了全民修仙时代的修士。
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第四次非核大战一年后的2027 年，在还留有战争痕迹的新滨市，发生一起疑似收贿的军人遭到枪杀的案件。雨幕中，公安‧荒卷大辅为了找寻军人的电子脑而潜入墓地，却遭到想证明上司清白的草薙素子持枪抵住身后。但是，追查这起案件的并非只有草薙一人，拥有「不眠之眼」的巴特怀疑她就是爆破杀伤事件的犯人，因而紧咬着不放；以及正持续追查枪击案与娼妓命案间共通点的新滨县的刑警‧德古沙。此外，「501 机关」的徕津中佐也正注视着草薙的行动。为了寻找自身的未来与理想，草薙的本能将自此觉醒（ARISE）……。
